Η προφορική παράδοση αναφέρει πώς τό παλιό Μοναστήρι πού ασκήτευε ο όσιος Αγάθωνας έπαθε καθίζηση καί η εικόνα της Παναγίας εξαφανίσθηκε, γιά νά βρεθει σέ φωτόλουστη σπηλιά καί εκεί, κοντά στή σημερινή του θέση, νά κτίσει ο όσιος τό μοναστήρι περί τόν 14ο μέ 15ο αιώνα. Η Μονή μετά τήν κοίμηση του κτίτορος ονομάστηκε από τούς μοναχούς μονή του Αγάθωνος.
Πρώτος ιστορικός ερευνητής της Ιεράς Μονής Αγάθωνος ήταν ο Γ. Λαμπάκης, ο οποίος τοποθετεί τό Καθολικό στόν 15ο η 16ο αιώνα.
